El Convento de los Agustinos, cuya fundación se sitúa entre 1163 y 1377, es un lugar de inmenso valor histórico y arquitectónico en Salamanca. Su capilla mayor fue atribuida a Juan de Álava, director de las obras de la Catedral Nueva y otras prestigiosas edificaciones. Este convento se extendía por 10.000 metros cuadrados, abarcando el actual parque arqueológico y llegando hasta la plaza de la Merced y la plaza de Fray Luis de León. Durante siglos, fue un centro universitario de teología con una destacada biblioteca y un profesorado de renombre, incluyendo figuras como San Juan de Sahagún y Fray Luis de León.

Hoy en día, el parque arqueológico revela restos fascinantes del convento, como las cocinas, el granero, el claustro, las galerías, las hospederías, la enfermería y la bodega, que proporcionan una visión detallada de la vida cotidiana y la organización dentro de la comunidad religiosa. Estos hallazgos permiten imaginar el bullicio de la preparación de comidas, el almacenamiento de cosechas y la vida espiritual y social que animaba el convento. La bodega, en particular, muestra la importancia de la conservación del vino en la época.

El convento sufrió varios incendios, el más devastador en 1744, que destruyó la mayor parte de su biblioteca. Durante la Guerra de la Independencia, las tropas francesas expulsaron a los frailes y utilizaron el convento como fortificación contra los ataques británicos liderados por el duque de Wellington. En 1810, el convento fue incendiado de nuevo y posteriormente demolido por los franceses, antes de ser desamortizado. Estos eventos marcaron el final de una era para este importante centro religioso y académico.

El Botánico albergó el Colegio Mayor de Cuenca, uno de los seis colegios mayores españoles clásicos, y cuna de eruditos y pensadores. Situado al Norte de la Calle de San Pedro, su claustro o su fachada principal debieron tener también un gran valor estético, constituyendo un importante centro de saber vinculado a la Universidad de Salamanca. Su construcción se inició en el siglo XVI, bajo la dirección de Juan de Álava, aunque las obras se prolongaron hasta el XVIII.

Fue uno de los edificios más notables de la ciudad. Su fundador, Diego Ramírez de Villaescusa, era obispo de Cuenca y antiguo estudiante de la Universidad de Salamanca. Durante la Guerra de Independencia, bajo la ocupación francesa, el antiguo Colegio fue utilizado como cuartel y en 1812 fue demolido por motivos estratégicos y para reutilizar su piedra en otras construcciones defensivas de la ciudad.

El Colegio Mayor de Cuenca contó con la participación de Alberto de Churriguera, con una monumental escalera que daba acceso a las plantas superiores. La capilla del propio Colegio fue obra de José Benito de Churriguera. Esto denota la importancia del edificio, al contar con los mejores arquitectos de la época.

En el yacimiento destaca una calle principal que actúa como eje divisorio. A un lado se encuentra el Colegio Mayor de Cuenca y al otro el Convento de los Agustinos, mientras que al fondo se halla la iglesia de San Pedro. Esta vía se denomina así puesto que conectaba la iglesia de San Pedro con el ya desaparecido Alcázar de San Juan.

Su pavimiento, que podemos observar hoy con claridad, se compone de guijarros de río y fragmentos de arenisca. También incluye dos líneas paralelas realizadas con los mismos materiales que actuaban como guías para los carros de la época.

De este templo tan solo quedan visibles fragmentos de su antigua estructura. Entre ellos, algunos muros, y, de especial interés, el suelo con diseño ajedrezado compuesto por pizarra y arenisca que podemos contemplar en este parque arqueológico del Botánico. De esta zona se trajeron varias claves polares, que se atribuyen al prestigioso cantero plateresco Juan de Álava, aportando así un testimonio mudo pero elocuente de la rica historia arquitectónica del lugar.